1999. gadā 7. Baltijas intelektuālās sadarbības konferences gaitā pirmoreiz tika pasniegtas Baltijas valstu zinātņu akadēmijas medaļas. Par medaļu piešķiršanu lemj kopīga visu triju akadēmiju žūrijas komisija. Katra laureāta diplomā ierakstītais formulējums gan ir atšķirīgs, taču visus vieno ieguldījums sadarbības veicināšanā starp Baltijas reģiona zinātniekiem un kopīgu zinātnisku pētījumu izstrāde.

Medaļas (64 mm diametrā, sudraba lējums) aversā ir attēloti Latvijas Zinātņu akadēmijas, Igaunijas Zinātņu akadēmijas un Lietuvas Zinātņu akadēmijas ģerboņi, reversā apkārt pa loku teksts latīņu valodā MEDALIUM ACADEMII SCIENTIARIUM BALTICI, vidū ir laukums laureāta vārda, uzvārda un medaļas piešķiršanas gada iegravēšanai. Medaļas autors ir LZA goda loceklis mākslinieks Jānis Strupulis. Ar Baltijas zinātņu akadēmiju medaļu apbalvotajam pasniedz arī diplomu. Medaļu diplomus paraksta visu triju Baltijas valstu zinātņu akadēmiju prezidenti.

Baltijas zinātņu akadēmiju medaļa ar Nr. 1 pasniegta akadēmiķim Jānim Stradiņam.

Baltijas zinātņu akadēmiju medaļas laureāti:

1999. gads - Juris Požela (Lietuva), Jānis Stradiņš (Latvija), Ēvalds Ojavers (Evald Ojaveer, Igaunija)

2000. gads  - Jiri Engelbrehts (Jüri Engelbreht, Igaunija), Jarmo Visakorpi (Somija), Jurģis Vilemas(Lietuva), Juris Ekmanis (Latvija)

2001. gads - Tālis Millers (Latvija), Karls Ūlafs Jākobsons (Carl-Olof Jakobson, Zviedrija), Benedikts Juodka (Benediktas Juodka, Lietuva), Mihkels Veiderma (Igaunija)

2003. gads - Jons Kubiļus (Jonas Kubilius, Lietuva), Jānis Kristapsons (Latvija), Pēters Tulviste (Peeter Tulviste, Igaunija)

2007. gads -  Ūlafs G.Tandbergs (Olof G. Tandberg, Zviedrija), Andrejs Siliņš (Latvija), Zenons Rokus Rudziks (Zenonas Rokus Rudzikas, Lietuva), Raimo Pullats (Igaunija), Mati Sārnisto (Matti Saarnisto,   Somija)

2010. gads - Ervīns Lukševics (Latvija), Zigms Zinkēvičs (Zigmas Zinkevičius, Lietuva), Ains-Elmars Kāsiks (Ain-Elmar Kaasik, Igaunija), Pjetro Umberto Dini (Pietro Umberto Dini, Itālija)

2013. gads - Tarmo Soomere (Igaunija), Jevgeņijs Butkus (Eugenijus Butkus, Lietuva), Andris Šternbergs (Latvija).

2015. GADA BALTIJAS ZINĀTŅU AKADĒMIJU MEDAĻAS LAUREĀTI

Pēters Jervelaids (Peeter Järvelaid, Igaunija) -  par ievērojamu ieguldījumu tiesību vēstures un salīdzinošo tiesību pētījumos un sadarbībā starp Igauniju, Latviju un Lietuvu.

P. Jervelaids ir igauņu jurists un tiesību vēsturnieks. Šobrīd Tallinas universitātes profesors. Daudzu zinātnisko rakstu autors igauņu, vācu, angļu, krievu, latviešu un citās valodās. Semiotiskas uz personu orientētas tiesību vēstures novirziena pamatlicējs Igaunijā. Jervelaidu ar Latviju vieno ilggadīga un cieša zinātniskā sadarbība ar Latvijas Universitātes (LU) tiesību vēsturniekiem, kuras ietvaros ir kopīgi noturētas zinātniskās konferences par reģiona tiesību vēsturi.

Zenonas Norkus (Lietuva) -  par Baltijas parauga izstrādāšanu salīdzinošajā vēsturiskajā socioloģijā, veicot suverēno Lietuvas, Latvijas, Igaunijas un Somijas valstu izpēti.

Z. Norkus - filozofs, sociologs; Viļņas Universitātes Filozofijas fakultātes profesors. Zinātniskās intereses ir salīdzinošā vēsturiskā socioloģija, postkomunistiskā sociālā pārveide, racionālās izvēles teorija, Maksa Vēbera sociālā teorija, vēsture un filozofija sociālajās zinātnēs. Vairāk nekā 100 raksti lietuviešu un svešvalodā, kā arī autors daudzām grāmatām.

Benedikts Kalnačs (Latvija) -  par ilggadēju un sekmīgu Baltijas jūras valstu literāro kontaktu izpēti.

B. Kalnačs  -  latviešu literatūrzinātnieks. Ieguvis habilitētā filoloģijas doktora grādu (1999). Kopš 2013. gada Literatūras nodaļas vadītājs LU Literatūras, folkloras un mākslas institūtā un kopš 2004. gada Liepājas Universitātes profesors.

Publikācijas kopš 1985. gada. Rakstījis recenzijas un izrāžu apskatus. Pētījumi latviešu drāmas vēsturē, kā arī postkoloniālisma studijās.